過少申告加算税と重加算税の違いとは？修正申告を行うタイミングでペナルティが変わる仕組み | 税関対応,輸出入トラブル,事後調査対応,労働問題などに注力している有森FA法律事務所

2026/02/11

税関の事後調査で申告漏れが指摘された場合、単に不足分を支払えば終わりではありません。ペナルティとして「過少申告加算税」や、悪質な場合は「重加算税」が課されます。

しかし、このペナルティは、「いつ修正申告をするか」によって税率が大きく変わることをご存知でしょうか？

１　ペナルティの税率構造

原則として、当初の申告額が少なかった場合、以下の加算税が課されます。

①過少申告加算税

原則：増差税額の１０％（増差税額が当初申告額等を超える部分は１５％）

調査通知「前」に自主的に修正した場合：０％（免除）

調査通知「後」～調査による更正の予知「前」に修正した場合：５％（軽減措置）

②重加算税

隠蔽・仮装があった場合：３５％～４０％

つまり、税関から「調査に行きますよ」という通知が来る前に、自らミスに気づいて修正申告をすれば、加算税はかからないのです（延滞税はかかります）。

２　「更正の予知」とは何か？

実務上、非常に重要なのが「更正の予知」という概念です。

調査が始まり、税関職員から具体的な指摘（例：「このロイヤルティは加算すべきですね」）を受けた後に修正申告をしても、それは「指摘されることを予知して行った」とみなされ、原則通りの１０％（またはそれ以上）の加算税がかかります。

しかし、調査通知が来てから実地調査が始まるまでの間に、自主的に再点検を行い、「指摘される前に」修正申告を行えば、５％に軽減される可能性があります。このわずかな期間の対応が大きな影響を与えることになるのです。

３　重加算税を回避するために

最も恐ろしいのは「重加算税（３５％以上）」です。

これは、二重帳簿の作成、インボイスの改ざん、虚偽答弁など、「事実を隠蔽または仮装」したと認定された場合に課されます。

単なる計算ミスや法令の解釈誤りであれば、重加算税は課されません。
しかし、調査官は厳しく追及してきます。「知っていて隠したのではないか？」と疑われた際、弁護士がいれば「これは法解釈の相違であり、隠蔽工作ではない」と論理的に主張し、重加算税の賦課を阻止できる可能性があります。

事後調査での指摘事項に納得がいかない場合や、重加算税のリスクがある場合は、まずは弁護士へご相談いただくことをお勧めします。
どのような対応が可能であるかどうかを慎重に検討し、極力会社にとってダメージのない形での解決を模索しましょう。