このページの目次
はじめに：仮の相談者から寄せられた相談事例のご紹介
本日は、輸入実務において最も複雑かつ専門的な判断を要し、かつ税関の事後調査において最も厳格に追及される「ＥＰＡ（経済連携協定）における原産地規則と実質的変更基準」について解説いたします。関税の免除や削減という大きなメリットを享受するためには、単に証明書を提出するだけでなく、その貨物が法的な「原産品」としての資格を真に備えていることを、客観的な証拠に基づいて証明しなければなりません。まずは、当事務所に実際に寄せられた相談内容を模した、以下の架空事例をご覧ください。
【相談者】
愛知県内で産業用電子機器の輸入および卸売を行う株式会社Ｇ、代表取締役、Ｈ氏（仮名）
【相談内容】
「当社は、ベトナムの製造メーカーＩ社から、日・ＡＳＥＡＮ包括的経済連携協定（ＡＪＣＥＰ）を活用して制御ユニットを継続的に輸入しております。Ｉ社からは、現地の商工会議所が発行した特定原産地証明書を受け取っており、関税無税で申告してきました。ところが、先日行われた税関の事後調査において、当該製品に使用されている一部の主要基板が中国製であり、ベトナムでの加工が『実質的な変更』にあたらないのではないかという疑義を持たれました。税関はベトナムの輸出者に対して直接的な調査（検認）を開始する準備を進めており、もし原産性が否定されれば、過去三年分の関税差額と過少申告加算税で数千万円の追徴を受ける可能性があると言われました。公的な証明書があるのになぜこのような事態になるのでしょうか。また、法的にどのように『実質的変更』を立証すべきでしょうか」
このような事例は、複数の国から部材を調達して組み立てを行う現代の製造業において、極めて頻繁に発生しております。Ｈ氏のように「公的な証明書さえあれば安泰である」という認識は、関税法および各協定の規定に照らせば、非常に危うい誤解と言わざるを得ません。本日は、原産地規則の核心である「実質的変更基準」の法的構造と、否認を回避するための実務的要諦を詳細に解説いたします。
１ 原産地規則と実質的変更基準の法的定義
輸入貨物がＥＰＡの特恵税率の適用を受けるためには、その貨物が協定上の「原産品」である必要があります。原産品の認定基準は、関税法および各経済連携協定に基づく特恵関税の適用に関する政令等に詳細に定められています。
税関長は、経済連携協定の規定に基づき関税の譲許の便益を受ける貨物について（中略）当該貨物が当該経済連携協定の規定に基づき当該締約国の原産品とされるものであることを確認するために必要な資料の提出を求めることができます。
多くの工業製品のように、非原産材料（協定域外の国の材料）を使用して製造される貨物の場合、原産地規則を満たすためには、その非原産材料に対して、原産国内で「実質的な変更」を加える加工が行われていなければなりません。実質的変更基準とは、非原産材料を使用して生産された物品について、その生産により、新たな特性が付与されるような重要な加工が行われた場合に、その国を原産地として認めるルールです。
２ 実質的変更を証明するための二大基準の詳解
実質的変更が行われたかどうかの判定には、主に以下の二つの基準が用いられます。どちらの基準を適用すべきかは、完成品のＨＳコード（品目分類番号）ごとに、各協定の付属書（品目別規則：ＰＳＲ）によって厳格に指定されています。
（一）関税分類変更基準（ＣＴＣ：Ｃｈａｎｇｅ ｉｎ Ｔａｒｉｆｆ Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ）
この基準は、使用された非原産材料のＨＳコードと、完成品のＨＳコードを比較し、一定のレベルで番号が変化していることをもって「実質的変更」があったとみなすものです。
イ 類（上二桁）の変更（ＣＣ）：非原産材料と完成品の部類が異なる必要がある最も厳しい基準
ロ 項（上四桁）の変更（ＣＴＨ）：材料と完成品の項番号が異なることを要件とする一般的な基準
ハ 号（上六桁）の変更（ＣＴＳＨ）：材料と完成品の号番号が異なることで足りる比較的緩やかな基準
（二）付加価値基準（ＶＡ：Ｖａｌｕｅ Ａｄｄｅｄ）
この基準は、完成品の価格のうち、原産国内で生じた付加価値（原産材料費、人件費、製造経費、適正利益等）の割合が、一定の水準（多くの協定では４０％以上）を満たしていることを要件とするものです。
以下の表に、それぞれの基準の概要と実務上の留意点を整理いたしました。
┌──────────────────────────────────────┐
│ 実質的変更基準（ＣＴＣ基準・ＶＡ基準）の法的特性比較表 │
├───────┬──────────────────┬───────────┤
│基準の種類 │判断の根拠となる指標 │実務上の主なリスク │
├───────┼──────────────────┼───────────┤
│関税分類変更 │ＨＳコードの番号変化（類・項・号） │非原産材料のＨＳコード│
│基準（ＣＴＣ）│外形的な変化で判定が比較的明確 │特定ミスによる判定誤り│
├───────┼──────────────────┼───────────┤
│付加価値基準 │価格に占める原産価値の割合（％） │為替変動や原材料高騰に│
│（ＶＡ） │会計データに基づく数値的な判定 │よる比率の事後的低下 │
└───────┴──────────────────┴───────────┘
３ 非違指摘を回避するための製造工程管理と立証責任
税関の事後調査において「実質的変更」が否定されるケースの多くは、輸出者側での製造実態の記録不足や、輸入者による確認の甘さに起因します。ＥＰＡの適用において、輸入者は「立証責任」を負っていることを強く意識しなければなりません。
（一）ＣＴＣ基準におけるトレーサビリティの確保
ＣＴＣ基準を適用する場合、すべての非原産材料のＨＳコードを正確に特定しなければなりません。調査官は、一部の部材のＨＳコードが完成品と同じ項に分類されるのではないかと疑い、その場合、分類変更が行われていないとして原産性を否定します。これを防ぐためには、部品表（ＢＯＭ）において、個々の部材の材質、機能、ＨＳコード、および調達先を網羅的に管理し、製造工程図（フローチャート）によって、それらがどのように結合・加工され、新たなＨＳコードを持つ製品へと変貌したかを論理的に説明できる資料を揃えておく必要があります。
（二）ＶＡ基準における原価計算の正確性と継続的監視
ＶＡ基準を適用する場合、計算方法の誤りが致命的な結果を招きます。協定ごとに「控除方式（ビルドダウン方式）」や「積上げ方式（ビルドアップ方式）」といった計算式が指定されており、一円単位の誤差が判定を左右します。特に、Ｈ氏の事例のように、非原産材料（中国製基板等）の価格を正しく把握していなかったり、為替相場の変動により非原産材料の円貨換算額が上昇し、結果として付加価値率が規定ラインを下回ったりすることがあります。企業は、輸入の都度、あるいは定期的に原価構成を再検証し、判定基準に対して十分な余裕（バッファ）があることを確認し続けなければなりません。
（三）証憑書類の七年間保存義務
関税法第九十四条に基づき、輸入者は申告の根拠となった書類を七年間保存する義務があります。ＥＰＡ適用の場合は、原産地証明書だけでなく、その根拠となった部品表や原価計算書も保存対象に含まれると解釈すべきです。輸出者が「企業秘密」を理由に資料を提供しない場合であっても、税関の調査時に提出できなければ、原産性は否定されます。
４ 「軽微な加工」という法的陥穽への注意
実質的変更基準を検討する際、最も注意すべきなのが「軽微な加工（不十分な作業）」の規定です。多くのＥＰＡには、たとえＨＳコードが変化し、あるいは付加価値基準を満たしていたとしても、それだけでは「実質的変更」とは認められない作業のリスト（ネガティブリスト）が定められています。
（経済連携協定に基づく特恵関税の適用等に関する政令別表）
これに該当する主な加工例は以下の通りです。
一 輸送中又は保存中に貨物を良好な状態に保つための乾燥、冷凍等の保存作業
二 単なる選別、仕分け、洗浄、切断、研磨
三 包装の変更、荷分、荷合わせ
四 簡単な組立て（単にネジで留めるだけのような作業）
五 動物の屠殺
六 これらの二以上の組み合わせ
Ｈ氏の事例においても、基板を筐体に入れるだけの「簡単な組立て」に過ぎないと判断されれば、ベトナム産としての原産性は認められません。加工工程において、製品に本質的な特性を付与するような「重要な工程（例えば複雑なはんだ付け、プログラムの書き込み、校正作業等）」が含まれていることを、工場の設備概要や作業手順書を用いて詳細に立証することが、否認を免れるための鍵となります。
５ 検認（Ｖｅｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ）と遡及追徴のプロセス
原産性に疑義がある場合、税関は「検認」という強力な調査手続を実施します。これには、輸入者に対する質問、輸出者に対する直接的な照会、さらには輸出国当局を通じた現地工場への立入調査までもが含まれます。
（一）直接検認と間接検認
協定により、日本の税関が直接輸出者に資料を求める「直接検認」と、輸出国の当局を通じて調査を行う「間接検認」があります。いずれの場合も、輸出者が期限内に回答しなかったり、資料が不十分であったりすれば、その時点で原産性は否認されます。
（二）遡及的な否認と付帯税の賦課
検認の結果、原産性が否定された場合、過去の輸入分すべてに遡って特恵関税の適用が取り消されます。関税法第十四条に基づき、更正の期間制限である五年前まで遡及されるリスクがあります。また、関税法第十二条の二に規定される「過少申告加算税（１０％〜１５％）」および第十二条に規定される「延滞税」が加算されます。意図的な虚偽があったとみなされれば、第十二条の四に基づく「重加算税（３５％〜４０％）」という極めて重い制裁が下されます。
以下の表に、否認された場合の財務的影響を整理いたしました。
┌──────────────────────────────────────┐
│ ＥＰＡ原産地否認に伴う追徴課税・制裁金の構造一覧表 │
├───────┬──────────────────┬───────────┤
│項目の名称 │算定根拠および法的な性質 │負担の目安・税率 │
├───────┼──────────────────┼───────────┤
│本税（関税差額）│実行最恵国税率と特恵税率の差額 │過去３〜５年分の全額 │
│ │（関税法第１４条の期間制限内） │ │
├───────┼──────────────────┼───────────┤
│輸入消費税差額│関税額の増加に伴う消費税の再計算分 │本税額の１０％相当額 │
├───────┼──────────────────┼───────────┤
│過少申告加算税│適正な申告を怠ったことへの行政罰 │不足税額の１０％ │
│ │（関税法第１２条の２） │（高額時は１５％） │
├───────┼──────────────────┼───────────┤
│延滞税 │本来の納期限からの遅延利息 │年率数％（日割計算） │
│ │（関税法第１２条） │ │
└───────┴──────────────────┴───────────┘
６ 「予防法務」としての三つの防衛戦略
ＥＰＡの活用において、事後調査で致命的な打撃を避けるためには、以下の三つの戦略的アプローチが不可欠です。
（一）輸出者との契約における関税コンプライアンス条項の整備
海外のサプライヤーとの間で締結する売買契約書において、以下の義務を明確に負わせる必要があります。
一 正確な原産地証明根拠資料の提供および七年間の保存義務。
二 税関による検認が発生した際の全面的な協力義務。
三 輸出者の提供した情報の誤りにより、輸入者が追徴課税を受けた場合の損害補償（インデムニティ）条項。
（二）定期的な原産地デューデリジェンスの実施
特に免税額が大きい重要製品については、年に一度程度、専門家を交えて部品表や原価計算書を再点検し、判定基準を満たしているかを監査する体制を構築すべきです。
（三）事前教示制度の積極的活用
原産地の判定が複雑な貨物や、軽微な加工に該当する懸念がある場合は、輸入前に税関に対して「事前教示」を申請し、公式な文書回答を得ておくことが最大の防衛策となります。関税法第七条の三に基づく事前教示回答書を保持していれば、事実関係に相違がない限り、税関はその判断を覆すことはできません。
７ 専門家（弁護士・通関士）による高度なリーガルサポートの重要性
原産地規則の適用は、単なる貿易実務ではなく、関税法、各国協定、会計、そして製造実務が交差する「高度な法務ガバナンス」の領域です。輸入者が独力で、あるいは通関業者に「丸投げ」の状態で進めることには、法的な死角が多すぎます。当事務所は、代表弁護士が通関士資格を保有しており、法務と物流実務の双方から貴社を強力に守ります。
【当事務所が提供できる具体的なＥＰＡ支援内容】
一 貴社の製造プロセスに基づく「最適原産地判定スキーム」の構築と判定根拠の作成。
二 輸出者から入手した資料が税関の要求水準（検認耐性）を満たしているかの法的検証。
三 税関事後調査や検認に対する、論理的な主張書面の作成および交渉代理。
四 不当な否認処分に対する「再調査の請求」および「審査請求」の代理。
五 国際間売買契約における「関税リスク分配条項」の起案および交渉サポート。
六 包括的な事前教示の申請および税関当局との窓口折衝。
弁護士が介入することで、税関の硬直的な解釈を解きほぐし、実態に基づいた適正な原産地認定を勝ち取ることが可能となります。
８ まとめ
本日は、輸入ビジネスの利益を左右する「実質的変更基準」と原産地規則の法的リスクについて解説いたしました。Ｈ社の事例のような悲劇を繰り返さないために、そして安定したＥＰＡの恩恵を享受し続けるために、今一度、貴社の輸入貨物の原産性を支える「証拠の鎖（チェーン・オブ・エビデンス）」を再点検してください。
企業にとって、ＥＰＡは強力な武器ですが、それを使いこなすためには相応の法務的武装が不可欠です。インボイスや証明書の表面的な記載だけを信じるのではなく、その背後にある製造の実態と、法的な要件の充足性を厳格に管理する姿勢を持ってください。
正しい法令知識に基づき、最善の準備をもって輸入に臨むこと。その努力が、貴社のグローバルビジネスの信頼性を高め、不測の事態から会社を守ることに繋がります。
【お問合せは、こちらから】
・・・・・・・・・・・
執筆：有森ＦＡ法律事務所 代表弁護士有森文昭（詳細プロフィールは、こちら）
（注）２０２６年３月時点の法令に基づき内容を改定
本記事は２０２６年３月現在の法令に基づいた一般的な情報の提供を目的としています。個別の事案については、具体的な状況により判断が異なるため、必ず専門家にご相談ください。
有森FA法律事務所の代表弁護士、有森文昭です。東京大学法学部および法科大学院を卒業後、都内の法律事務所での経験を経て、当事務所を開設いたしました。通関士や行政書士の資格も有し、税関対応や輸出入トラブル、労働問題など、依頼者の皆様の多様なニーズにお応えしています。初回相談から解決まで一貫して対応し、依頼者の最良のパートナーとして、共に最適な解決策を追求してまいります。
