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はじめに：仮の相談者から寄せられた相談事例のご紹介
本日は、輸入実務において最も頻繁に発生し、かつ税関から指摘を受けやすい「輸入申告価格（課税価格）の誤り」とその救済・修正手続きについて詳しく解説いたします。まずは、当事務所に実際に寄せられる相談内容を模した、以下の架空事例をご覧ください。輸入ビジネスの現場で、どのような経緯でミスが発生し、どのような法的リスクに直面するのかを理解する一助となります。
【相談者】
東京都内で海外製精密機器およびソフトウェアの輸入卸売業を営むＡ社 代表取締役 Ｂ氏
【相談内容】
「当社は過去三年間にわたり、欧州のメーカーから最新の測定装置を継続的に輸入してまいりました。輸入時の申告価格については、仕入先から発行されたインボイスの金額に基づき、ＣＩＦ条件（運賃・保険料込み価格）で適正に申告を行っているものと確信しておりました。しかし先日、社内の内部監査を実施したところ、当該装置の稼働に不可欠な専用ソフトウェアのライセンス料（ロイヤリティ）として、年間数千万円を別途海外メーカーに支払っていたことが判明いたしました。このライセンス料は商品代金のインボイスには含まれておらず、輸入申告時の価格からも漏れていました。顧問税理士からは、この支払いは関税法上の加算要素に該当し、申告価格を過少に報告していた可能性があると指摘されました。Ｂ氏は、意図的な隠蔽ではないものの、数年分を遡ると多額の関税・消費税の未払いが生じていることに大きな不安を感じています。税関の事後調査を受ける前に、自発的にどのような手続きを取るべきでしょうか。また、延滞税や加算税といったペナルティを最小限に抑える方法はあるのでしょうか。専門的な見地からの詳細な解説を求めています」
このような事例は、特にロイヤリティや金型代、あるいは無償提供された原材料費などが絡む複雑な取引において、非常によく見受けられます。輸入事業者の皆様は日常的に多数の貨物を輸入しておりますので、ＨＳコードが正確かどうか、また輸入申告価格が適切であったかどうかについては日常的に注意を払われているものと思います。ただ、どれほど注意をしていても、人間の行う作業である以上ミスはつきものであり、輸入申告価格に誤りがあった場合には、迅速かつ適切に対応することが必要です。不適切な申告価格が税関により指摘された場合、ペナルティや追徴課税が発生する可能性があるからです。本日は、主に関税法に基づく「修正申告」と「更正の請求」という二つの方法を中心に、実務的な対応策を詳述いたします。
１ 輸入価格決定の原則と加算要素の重要性
誤りへの対応を理解する前に、そもそも「正しい輸入申告価格」がどのように法律で定義されているかを確認する必要があります。日本の関税制度は、輸入者が自ら税額を計算して申告する「申告納税方式」を採用しています。
第一項 輸入貨物の課税価格は、当該輸入貨物に係る輸入取引がされた時の価格（中略）に、その価格に含まれていない限度において、次に掲げる費用の額を加算した価格とする。
一 当該輸入貨物の輸入港までの運賃、保険料その他運送に関連する費用
二 当該輸入貨物の輸入取引に関連して買手により負担される次に掲げる費用
イ 仲介料その他の手数料
ロ 当該輸入貨物と一体のものとして取り扱われる容器の費用
ハ 当該輸入貨物の包装に要する費用
三 （中略）当該輸入貨物の生産及び輸入取引に関連して、買手により直接又は間接に、無償で、又は値引きして提供された次に掲げる物品又は役務の費用（中略）
四 当該輸入貨物に係る特許権、実用新案権、意匠権、商標権（中略）その他これらに類するものを使用する権利の対価として買手により直接又は間接に支払われる公表された価格
Ｂ氏の事例のように、インボイス価格以外に別途支払われるロイヤリティや、無償提供した部材の費用などは、この条文に基づき「加算要素」として価格に含めなければなりません。これを見落とすと、結果として過少申告を構成することになります。
２ 修正申告（過少申告時の手続き）の詳細
修正申告とは、当初行った申告価格が実際よりも低額であった場合、あるいは納付すべき税額が不足していた場合に、輸入者が自らその誤りを修正して不足分を納付する手続きです。
第一項 納税申告をした者は、当該申告に係る税額等（中略）を修正する必要があるときは、次項の規定による更正があるまでは、修正申告をすることができる。
（１）修正申告を行うタイミング
修正申告は、税関から「更正（当局による税額の決定）」を受ける前であればいつでも行うことが可能です。特に、税関による事後調査（税務署の税務調査に相当するもの）の通知を受ける前に行う「完全な自主的修正申告」の場合、後述する過少申告加算税が免除されるという極めて大きなメリットがあります。
（２）修正申告の実務フロー
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修正申告手続きの実務プロセス一覧表
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ステップ｜具体的な作業内容｜法的な重要性と留意点
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一 誤りの特定｜インボイス、契約書、送金記録の再精査｜加算要素（運賃、ロイヤリティ等）の漏れを確認
二 課税価格の再計算｜関税定率法に基づき正しい価格を算出｜為替レートは当初輸入時の「公示レート」を使用
三 修正申告書の作成｜税関様式に当初申告と修正後の数値を記載｜誤りが発生した「理由」を客観的に記述する
四 税関への提出｜管轄税関の輸入審査部門へ提出｜ＮＡＣＣＳ（輸出入・港湾関連情報処理システム）を利用
五 不足税額の納付｜修正申告と同時に、関税・消費税を納付｜延滞税の計算も併せて行う必要がある
六 記録の保存｜修正申告の控えと根拠資料を七年間保存｜次回の事後調査において「適正な修正」を証明するため
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（３）過少申告加算税と延滞税の取り扱い
修正申告を行う際、最も懸念されるのが付帯税（ペナルティ）です。
一 過少申告加算税（関税法第十二条の二）
原則として不足税額の十パーセント（一定額を超えると十五パーセント）が課されます。しかし、税関の調査を受ける前に自主的に修正申告をした場合は、この加算税は課されません。
二 延滞税（関税法第十二条）
本来の納期限（当初の輸入許可日）から納付日までの期間に応じて、利息に相当する延滞税が課されます。これは自主的な修正であっても免除されませんが、修正が早ければ早いほど負担は軽減されます。
３ 更正の請求（過大申告時の手続き）の詳細
更正の請求は、修正申告とは逆に、当初の申告価格が実際よりも高すぎた場合や、計算ミスにより税金を多く払いすぎてしまった場合に、税関に対して払いすぎた税金の還付を求める手続きです。
第一項 納税申告をした者は、次の各号のいずれかに該当するときは、当該申告に係る貨物の輸入許可があるまで（中略）又は輸入許可の日から五年以内に限り、税関長に対し、更正をすべき旨の請求をすることができる。
一 当該申告に係る税額等が過大であるとき。
二 当該申告に係る税額等の計算が関税に関する法律の規定に従つていなかつたとき。
（１）更正の請求ができる期限
原則として「輸入許可の日から五年以内」です。かつては一年以内という非常に短い期間でしたが、納税者の権利保護の観点から現在は五年に延長されています。ただし、五年を過ぎると、どれほど明白な過払いであっても返還を求める法的な権利が失効いたします。
（２）更正の請求の実務フロー
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更正の請求（税金還付）手続きの実務一覧表
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プロセス｜具体的な対応事項｜必要となる証拠資料
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一 還付事由の確認｜過大申告となった原因を特定する｜価格の誤記、インボイスの二重計上、値引きの未反映等
二 請求書の提出｜更正の請求書を税関長に提出｜当初申告の申告番号、還付を求める金額を明記
三 疎明資料の添付｜過大申告を証明する客観的資料｜修正後のインボイス、送金証明、契約書の原本等
四 税関による審査｜税関担当官による事実関係の調査｜必要に応じて追加の資料提出や対面説明を求められる
五 更正通知｜税関長から更正（還付決定）の通知｜却下された場合は「不服申立て」の手続きへ
六 還付金の受領｜指定の銀行口座に税金が還付される｜還付加算金（利息相当）が付加される場合もある
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４ 不適切な対応が招く深刻なリスク
申告価格の誤りを知りながら放置したり、適当な修正で済ませたりすることは、輸入業者の信頼を根本から破壊し、再起不能な打撃を与えることになります。
（１）重加算税の賦課
事実を隠蔽したり仮装したりして過少申告を行っていたと税関に判断された場合、過少申告加算税に代えて「三十五パーセント」という極めて重い重加算税が課されます。
第一項 （中略）納税義務者がその税額の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装し、その隠蔽し、又は仮装したところに基づき納税申告をしていたときは、過少申告加算税に代え、不足税額の百分の三十五に相当する重加算税を課する。
Ｂ氏の事例においても、もしライセンス料の支払いを意図的に隠していたとみなされれば、この重加算税の対象となります。
（２）通関スピードの低下と全件検査
一度「悪質な申告ミス」があったと税関のデータベース（通関情報処理システム）に登録されると、その後の当該企業の全貨物に対して現品検査が行われるようになります。これにより、通常の通関が一日で済むところを一週間以上要することになり、物流コストの増大と納期遅延を招きます。
（３）社会的信用の失墜
法令違反の事実は公表されることがあり、金融機関からの融資停止や、既存の取引先からの契約解除を招くことになります。コンプライアンスを重視する現代のグローバル市場において、一度損なわれた信用を回復するには、多大な時間と労力が必要となります。
５ 実務上の各手続きの比較と使い分け
修正申告と更正の請求は、表裏一体の関係にあります。輸入実務における位置づけを以下の比較表にまとめました。
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修正申告と更正の請求の機能比較表
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比較項目｜修正申告｜更正の請求
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申告の方向｜税金を「増やす」手続き｜税金を「取り戻す」手続き
主導権｜輸入者の権利（義務でもある）｜輸入者の権利
期限｜更正があるまで（事実上制限なし）｜輸入許可日から五年以内
ペナルティ｜延滞税が必要。加算税は状況次第｜なし。逆に還付加算金がつく場合あり
税関の審査｜比較的速やかに受理される｜厳格な事実確認と証拠の提示が求められる
不服申立て｜原則としてできない｜却下された場合に可能
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６ 専門家による法的サポートの重要性と当事務所の役割
いずれの手続きにおいても、正確な証拠資料の提出が重要です。輸入に関わる書類の保管や記録は、適切な対応のための出発点となります。修正申告や更正の請求を迅速かつ適切に行うことは、輸入事業者の法的リスクを低減し、適正な税務処理を実現するポイントとなります。当事務所は、代表弁護士が輸出入や通関に関する唯一の国家資格である通関士資格を有しており、法務と実務の両面から強力なサポートを提供することが可能です。弁護士でありながら通関実務の深い知見を持つことで、単なる法令の解釈に留まらず、当局がどのような視点で調査を行い、どのような証拠書類を重視するかという実践的なアドバイスを提示することができます。
【当事務所が提供できる主な支援内容】
一 課税価格（加算要素）の精緻な再計算とリーガルチェック
二 修正申告・更正の請求における税関への疎明資料の作成支援
三 税関事後調査に対する事前シミュレーションおよび調査当日の立ち会い
四 不当な更正に対する審査請求（不服申立て）の代理
五 社内輸入管理体制（ＩＣＰ）の構築およびコンプライアンス研修の実施
六 海外取引先との契約書における課税価格決定に関連する条項の整備
７ まとめ：適正な価格申告こそがビジネスを安定させる唯一の道
輸入申告価格の内容を含めて輸入手続に不明点がある場合は、まずは専門家に相談することをおすすめします。企業としては、輸入する貨物の内容や取引相手に支払う代金のみを気にしておけばよく、それ以外の手続面のことはほとんど気にしていない場合も多いものと思われます。しかしながら、このような姿勢には大きなリスクがあると言わざるを得ません。
正しい法令知識に基づき、一つひとつの取引を精査すること。その地道な努力が、貴社のグローバルビジネスを安定させ、不測の事態から会社を守ることに繋がります。当事務所は、貴社の良きパートナーとして、その専門性を最大限に発揮して、安定した海外展開をサポートし続けます。適正な通関こそが、グローバルビジネスを安定させる唯一の道です。最後までお読みいただき、誠にありがとうございました。どのような些細なことでも構いませんので、どうぞお気軽にご相談ください。貴社の海外ビジネスが、確かな法的安全性の下でさらなる発展を遂げることを心より願っております。
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執筆：有森ＦＡ法律事務所 代表弁護士有森文昭（詳細プロフィールは、こちら）
（注）２０２６年３月時点の法令に基づき内容を改定
本記事は２０２６年３月現在の法令に基づいた一般的な情報の提供を目的としています。個別の事案については、具体的な状況により判断が異なるため、必ず専門家にご相談ください。
有森FA法律事務所の代表弁護士、有森文昭です。東京大学法学部および法科大学院を卒業後、都内の法律事務所での経験を経て、当事務所を開設いたしました。通関士や行政書士の資格も有し、税関対応や輸出入トラブル、労働問題など、依頼者の皆様の多様なニーズにお応えしています。初回相談から解決まで一貫して対応し、依頼者の最良のパートナーとして、共に最適な解決策を追求してまいります。
